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|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R05C01",
|
|
"locus_0109",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R05C01",
|
|
"locus_0110",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R05C01",
|
|
"locus_0111",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R05C01",
|
|
"locus_0112",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"160139865",
|
|
"CTGGTAAGT",
|
|
"C",
|
|
"./."
|
|
],
|
|
"0/0",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"160139865",
|
|
"CTGGTAAGT",
|
|
"C"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R05C01",
|
|
"locus_0113",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"160139865",
|
|
"CTGGTAAGT",
|
|
"C",
|
|
"./."
|
|
],
|
|
"0/0",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"160139865",
|
|
"CTGGTAAGT",
|
|
"C"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R06C01",
|
|
"locus_0105",
|
|
[
|
|
"11",
|
|
"113904829",
|
|
"GAGA",
|
|
"G",
|
|
"./."
|
|
],
|
|
"0/1",
|
|
[
|
|
"11",
|
|
"113904829",
|
|
"GAGA",
|
|
"G"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R06C01",
|
|
"locus_0108",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"3",
|
|
"46373452",
|
|
"TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
]
|
|
],
|
|
"oracle_opposite_strand_indel_bug": [
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0114",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0115",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0116",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0117",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0118",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0119",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0120",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0121",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0122",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0114",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0115",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0116",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0117",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0118",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0119",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"6",
|
|
"33087504",
|
|
"TC",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0120",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0121",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0122",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"7",
|
|
"140836521",
|
|
"G",
|
|
"GT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
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"207895980019_R04C01",
|
|
"locus_0114",
|
|
[
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|
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"C",
|
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"CT",
|
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"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R04C01",
|
|
"locus_0115",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT",
|
|
"0/1"
|
|
],
|
|
"./.",
|
|
[
|
|
"12",
|
|
"21334835",
|
|
"C",
|
|
"CT"
|
|
]
|
|
]
|
|
],
|
|
"ours_missing_haploid_Y": [
|
|
[
|
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"207895980019_R03C01",
|
|
"locus_0067",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"19466559",
|
|
"T",
|
|
"G",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"1",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"19466559",
|
|
"T",
|
|
"G"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R03C02",
|
|
"locus_0069",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"12580293",
|
|
"T",
|
|
"C",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"0",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"12580293",
|
|
"T",
|
|
"C"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R04C01",
|
|
"locus_0068",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"5680808",
|
|
"T",
|
|
"G",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"1",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"5680808",
|
|
"T",
|
|
"G"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R11C02",
|
|
"locus_0061",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"19428214",
|
|
"G",
|
|
"C",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"0",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"19428214",
|
|
"G",
|
|
"C"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R12C01",
|
|
"locus_0063",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"12030916",
|
|
"C",
|
|
"T",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"0",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"12030916",
|
|
"C",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980019_R12C01",
|
|
"locus_0064",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"13331090",
|
|
"T",
|
|
"C",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"1",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"13331090",
|
|
"T",
|
|
"C"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980035_R04C03",
|
|
"locus_0065",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"9957467",
|
|
"A",
|
|
"T",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"0",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"9957467",
|
|
"A",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980035_R04C03",
|
|
"locus_0066",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"12816261",
|
|
"A",
|
|
"G",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"1",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"12816261",
|
|
"A",
|
|
"G"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
|
|
"207895980035_R10C01",
|
|
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|
|
[
|
|
"Y",
|
|
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|
|
"A",
|
|
"G",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"1",
|
|
[
|
|
"Y",
|
|
"14081208",
|
|
"A",
|
|
"G"
|
|
]
|
|
]
|
|
],
|
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"ours_missing_het_in_haploid": [
|
|
[
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|
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|
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|
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|
"."
|
|
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|
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[
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"X",
|
|
"33006670",
|
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|
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"G"
|
|
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[
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|
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|
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[
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"Y",
|
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"G",
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"T",
|
|
"."
|
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|
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"0/1",
|
|
[
|
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"Y",
|
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"7044951",
|
|
"G",
|
|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
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[
|
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|
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"locus_0078",
|
|
[
|
|
"Y",
|
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"7044951",
|
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"G",
|
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"T",
|
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"."
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"0/1",
|
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[
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"Y",
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|
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|
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[
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"X",
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"79535086",
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"C",
|
|
"T"
|
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[
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|
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"T",
|
|
"."
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],
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"0/1",
|
|
[
|
|
"X",
|
|
"22216499",
|
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"A",
|
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|
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]
|
|
],
|
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[
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|
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"X",
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"A",
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|
"."
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"0/1",
|
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[
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|
"X",
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|
"7462384",
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"A",
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"G"
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|
]
|
|
],
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[
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|
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|
|
[
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"X",
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|
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"T",
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"C",
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|
"."
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"0/1",
|
|
[
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"X",
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|
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|
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"C",
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"T",
|
|
"."
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|
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[
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"X",
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"68391913",
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|
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|
"."
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|
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"0/1",
|
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[
|
|
"MT",
|
|
"2690",
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"G",
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"A"
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|
|
],
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[
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|
"."
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"0/1",
|
|
[
|
|
"X",
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"91616889",
|
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"G",
|
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|
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"G",
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|
"."
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],
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|
|
[
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"X",
|
|
"20830034",
|
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"A",
|
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|
|
]
|
|
],
|
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[
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|
|
[
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"X",
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"A",
|
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"G",
|
|
"."
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|
],
|
|
"0/1",
|
|
[
|
|
"X",
|
|
"7467632",
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"A",
|
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|
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|
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|
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[
|
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"X",
|
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"7478861",
|
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"T",
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"C",
|
|
"."
|
|
],
|
|
"0/1",
|
|
[
|
|
"X",
|
|
"7478861",
|
|
"T",
|
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"C"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
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"207895980035_R13C03",
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"locus_0072",
|
|
[
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"X",
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"68391913",
|
|
"C",
|
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"T",
|
|
"."
|
|
],
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|
"0/1",
|
|
[
|
|
"X",
|
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"68391913",
|
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"C",
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"X",
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|
"."
|
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],
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"0/1",
|
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[
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"X",
|
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"120442599",
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"C",
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|
"T"
|
|
]
|
|
],
|
|
[
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"207895980042_R15C02",
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"locus_0082",
|
|
[
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"Y",
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|
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"C",
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"A",
|
|
"."
|
|
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|
|
"0/1",
|
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[
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"Y",
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"X",
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"A",
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[
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"locus_0126",
|
|
[
|
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"X",
|
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"22890860",
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"A",
|
|
"G,T",
|
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"1"
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"X",
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]
|
|
]
|
|
]
|
|
},
|
|
"unexplained": 0,
|
|
"note": "Probe names from the vendor manifest are replaced by stable pseudonyms (locus_NNNN, shared by both oracle files); sample IDs, positions, alleles and all counts are unchanged."
|
|
}
|