kemal/SimurgArray
1
0 Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
Files
da61c7b9fd1370c6dc1a0770b8891361cc431a1e
SimurgArray/docs/validation/P6_gsa36_vs_gtc2vcf.json
T
kemal da61c7b9fd
ci / test (3.13) (push) Successful in 4m23s
Details
ci / test (3.12) (push) Successful in 4m26s
Details
Prepare for public release on Gitea: simurgarray package names, community files, Gitea templates, pseudonymised P6 probe names
2026-09-30 12:09:13 +01:00

1161 lines
17 KiB
JSON
Raw Blame History

{
"oracle": "gtc2vcf",
"samples": 36,
"probes_oracle": 682719,
"probes_ours": 660270,
"probes_in_merged_records": 5000,
"probes_only_in_oracle": 22449,
"only_in_oracle_examples": [
"locus_0001",
"locus_0002",
"locus_0003",
"locus_0004",
"locus_0005",
"locus_0006",
"locus_0007",
"locus_0008",
"locus_0009",
"locus_0010",
"locus_0011",
"locus_0012",
"locus_0013",
"locus_0014",
"locus_0015",
"locus_0016",
"locus_0017",
"locus_0018",
"locus_0019",
"locus_0020"
],
"categories": {
"grouping_differs": 6424,
"match_called": 23656010,
"match_missing": 102077,
"ours_missing_haploid_Y": 9,
"ours_missing_het_in_haploid": 16,
"representation_diff": 5184
},
"examples": {
"grouping_differs": [
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0021",
[
"1",
"19287570",
"G",
"T,C",
"0/2"
],
"0/0",
[
"1",
"19287570",
"G",
"T"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0022",
[
"1",
"97515784",
"C",
"A,T",
"0/1"
],
"./.",
[
"1",
"97515784",
"C",
"A"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0023",
[
"1",
"97515784",
"C",
"A,T",
"0/1"
],
"0/0",
[
"1",
"97515784",
"C",
"T"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0024",
[
"1",
"97515784",
"C",
"A,T",
"0/1"
],
"./.",
[
"1",
"97515784",
"C",
"A"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0025",
[
"1",
"108937356",
"G",
"C,T",
"./."
],
"0/1",
[
"1",
"108937356",
"G",
"C"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0026",
[
"1",
"108937356",
"G",
"C,T",
"./."
],
"0/1",
[
"1",
"108937356",
"G",
"T"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0027",
[
"1",
"108937356",
"G",
"C,T",
"./."
],
"0/1",
[
"1",
"108937356",
"G",
"T"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0028",
[
"1",
"186676356",
"A",
"C,G",
"./."
],
"1/1",
[
"1",
"186676356",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0029",
[
"1",
"186676356",
"A",
"C,G",
"./."
],
"1/1",
[
"1",
"186676356",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0030",
[
"1",
"186676356",
"A",
"C,G",
"./."
],
"1/1",
[
"1",
"186676356",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0031",
[
"1",
"192815708",
"T",
"A,C",
"0/2"
],
"0/0",
[
"1",
"192815708",
"T",
"A"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0032",
[
"10",
"33785635",
"G",
"A,T",
"./."
],
"0/0",
[
"10",
"33785635",
"G",
"A"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0033",
[
"10",
"33785635",
"G",
"A,T",
"./."
],
"1/1",
[
"10",
"33785635",
"G",
"A"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0034",
[
"10",
"33785635",
"G",
"A,T",
"./."
],
"0/0",
[
"10",
"33785635",
"G",
"T"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0035",
[
"10",
"37501484",
"G",
"A,T",
"0/1"
],
"0/0",
[
"10",
"37501484",
"G",
"T"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0036",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C,G",
"./."
],
"1/1",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0037",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C,G",
"./."
],
"0/0",
[
"10",
"118836909",
"T",
"G"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0038",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C,G",
"./."
],
"1/1",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0039",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C,G",
"./."
],
"1/1",
[
"10",
"118836909",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980019_R14C03",
"locus_0040",
[
"10",
"121586676",
"A",
"G,T",
"0/1"
],
"0/0",
[
"10",
"121586676",
"A",
"T"
]
]
],
"representation_diff": [
[
"locus_0041",
[
"1",
"20589096",
"TC",
"T"
],
[
"1",
"20589098",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0042",
[
"1",
"20589096",
"TC",
"T"
],
[
"1",
"20589098",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0043",
[
"1",
"20589096",
"TC",
"T"
],
[
"1",
"20589098",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0044",
[
"1",
"78303099",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"78303101",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0045",
[
"1",
"78392093",
"AT",
"A"
],
[
"1",
"78392095",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0046",
[
"1",
"78411336",
"AC",
"A"
],
[
"1",
"78411338",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0047",
[
"1",
"97450065",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"97450067",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0048",
[
"1",
"97450065",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"97450067",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0049",
[
"1",
"97450065",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"97450067",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0050",
[
"1",
"97450065",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"97450067",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0051",
[
"1",
"97450065",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"97450067",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0052",
[
"1",
"97450065",
"TG",
"T"
],
[
"1",
"97450067",
"D",
"I"
]
],
[
"locus_0053",
[
"1",
"97593250",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"97593252",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0054",
[
"1",
"97593250",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"97593252",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0055",
[
"1",
"97593250",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"97593252",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0056",
[
"1",
"97593250",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"97593252",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0057",
[
"1",
"97593250",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"97593252",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0058",
[
"1",
"147208902",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"147208904",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0059",
[
"1",
"147208902",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"147208904",
"I",
"D"
]
],
[
"locus_0060",
[
"1",
"147208902",
"CT",
"C"
],
[
"1",
"147208904",
"I",
"D"
]
]
],
"ours_missing_haploid_Y": [
[
"207895980019_R11C02",
"locus_0061",
[
"Y",
"19428214",
"G",
"C",
"."
],
"0/0",
[
"Y",
"19428214",
"G",
"C"
]
],
[
"207895980035_R10C01",
"locus_0062",
[
"Y",
"14081208",
"A",
"G",
"."
],
"1/1",
[
"Y",
"14081208",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980019_R12C01",
"locus_0063",
[
"Y",
"12030916",
"C",
"T",
"."
],
"0/0",
[
"Y",
"12030916",
"C",
"T"
]
],
[
"207895980019_R12C01",
"locus_0064",
[
"Y",
"13331090",
"T",
"C",
"."
],
"1/1",
[
"Y",
"13331090",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980035_R04C03",
"locus_0065",
[
"Y",
"9957467",
"A",
"T",
"."
],
"0/0",
[
"Y",
"9957467",
"A",
"T"
]
],
[
"207895980035_R04C03",
"locus_0066",
[
"Y",
"12816261",
"A",
"G",
"."
],
"1/1",
[
"Y",
"12816261",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980019_R03C01",
"locus_0067",
[
"Y",
"19466559",
"T",
"G",
"."
],
"1/1",
[
"Y",
"19466559",
"T",
"G"
]
],
[
"207895980019_R04C01",
"locus_0068",
[
"Y",
"5680808",
"T",
"G",
"."
],
"1/1",
[
"Y",
"5680808",
"T",
"G"
]
],
[
"207895980019_R03C02",
"locus_0069",
[
"Y",
"12580293",
"T",
"C",
"."
],
"0/0",
[
"Y",
"12580293",
"T",
"C"
]
]
],
"ours_missing_het_in_haploid": [
[
"207895980035_R13C03",
"locus_0070",
[
"X",
"7467632",
"A",
"G",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"7467632",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980035_R13C03",
"locus_0071",
[
"X",
"7478861",
"T",
"C",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"7478861",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980035_R13C03",
"locus_0072",
[
"X",
"68391913",
"C",
"T",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"68391913",
"C",
"T"
]
],
[
"207895980019_R06C01",
"locus_0073",
[
"X",
"33006670",
"T",
"G",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"33006670",
"T",
"G"
]
],
[
"207895980035_R09C03",
"locus_0074",
[
"MT",
"2690",
"G",
"A",
"."
],
"0/1",
[
"MT",
"2690",
"G",
"A"
]
],
[
"207895980019_R15C02",
"locus_0075",
[
"X",
"79535086",
"C",
"T",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"79535086",
"C",
"T"
]
],
[
"207895980035_R14C01",
"locus_0076",
[
"X",
"120442599",
"C",
"T",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"120442599",
"C",
"T"
]
],
[
"207895980035_R03C03",
"locus_0077",
[
"X",
"22216499",
"A",
"T",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"22216499",
"A",
"T"
]
],
[
"207895980019_R09C03",
"locus_0078",
[
"Y",
"7044951",
"G",
"T",
"."
],
"0/1",
[
"Y",
"7044951",
"G",
"T"
]
],
[
"207895980035_R12C03",
"locus_0079",
[
"X",
"20830034",
"A",
"G",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"20830034",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980035_R11C03",
"locus_0080",
[
"X",
"91616889",
"G",
"A",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"91616889",
"G",
"A"
]
],
[
"207895980035_R11C03",
"locus_0081",
[
"X",
"154532408",
"T",
"C",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"154532408",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980042_R15C02",
"locus_0082",
[
"Y",
"15734824",
"C",
"A",
"."
],
"0/1",
[
"Y",
"15734824",
"C",
"A"
]
],
[
"207895980035_R05C03",
"locus_0083",
[
"X",
"7462384",
"A",
"G",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"7462384",
"A",
"G"
]
],
[
"207895980035_R05C03",
"locus_0084",
[
"X",
"7475195",
"T",
"C",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"7475195",
"T",
"C"
]
],
[
"207895980035_R05C03",
"locus_0072",
[
"X",
"68391913",
"C",
"T",
"."
],
"0/1",
[
"X",
"68391913",
"C",
"T"
]
]
]
},
"unexplained": 0,
"note": "Probe names from the vendor manifest are replaced by stable pseudonyms (locus_NNNN, shared by both oracle files); sample IDs, positions, alleles and all counts are unchanged."
}
Reference in new issue View Git Blame Copy Permalink