{ "oracle": "gtc2vcf", "samples": 36, "probes_oracle": 682719, "probes_ours": 660270, "probes_in_merged_records": 5000, "probes_only_in_oracle": 22449, "only_in_oracle_examples": [ "locus_0001", "locus_0002", "locus_0003", "locus_0004", "locus_0005", "locus_0006", "locus_0007", "locus_0008", "locus_0009", "locus_0010", "locus_0011", "locus_0012", "locus_0013", "locus_0014", "locus_0015", "locus_0016", "locus_0017", "locus_0018", "locus_0019", "locus_0020" ], "categories": { "grouping_differs": 6424, "match_called": 23656010, "match_missing": 102077, "ours_missing_haploid_Y": 9, "ours_missing_het_in_haploid": 16, "representation_diff": 5184 }, "examples": { "grouping_differs": [ [ "207895980019_R14C03", "locus_0021", [ "1", "19287570", "G", "T,C", "0/2" ], "0/0", [ "1", "19287570", "G", "T" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0022", [ "1", "97515784", "C", "A,T", "0/1" ], "./.", [ "1", "97515784", "C", "A" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0023", [ "1", "97515784", "C", "A,T", "0/1" ], "0/0", [ "1", "97515784", "C", "T" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0024", [ "1", "97515784", "C", "A,T", "0/1" ], "./.", [ "1", "97515784", "C", "A" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0025", [ "1", "108937356", "G", "C,T", "./." ], "0/1", [ "1", "108937356", "G", "C" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0026", [ "1", "108937356", "G", "C,T", "./." ], "0/1", [ "1", "108937356", "G", "T" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0027", [ "1", "108937356", "G", "C,T", "./." ], "0/1", [ "1", "108937356", "G", "T" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0028", [ "1", "186676356", "A", "C,G", "./." ], "1/1", [ "1", "186676356", "A", "G" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0029", [ "1", "186676356", "A", "C,G", "./." ], "1/1", [ "1", "186676356", "A", "G" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0030", [ "1", "186676356", "A", "C,G", "./." ], "1/1", [ "1", "186676356", "A", "G" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0031", [ "1", "192815708", "T", "A,C", "0/2" ], "0/0", [ "1", "192815708", "T", "A" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0032", [ "10", "33785635", "G", "A,T", "./." ], "0/0", [ "10", "33785635", "G", "A" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0033", [ "10", "33785635", "G", "A,T", "./." ], "1/1", [ "10", "33785635", "G", "A" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0034", [ "10", "33785635", "G", "A,T", "./." ], "0/0", [ "10", "33785635", "G", "T" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0035", [ "10", "37501484", "G", "A,T", "0/1" ], "0/0", [ "10", "37501484", "G", "T" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0036", [ "10", "118836909", "T", "C,G", "./." ], "1/1", [ "10", "118836909", "T", "C" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0037", [ "10", "118836909", "T", "C,G", "./." ], "0/0", [ "10", "118836909", "T", "G" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0038", [ "10", "118836909", "T", "C,G", "./." ], "1/1", [ "10", "118836909", "T", "C" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0039", [ "10", "118836909", "T", "C,G", "./." ], "1/1", [ "10", "118836909", "T", "C" ] ], [ "207895980019_R14C03", "locus_0040", [ "10", "121586676", "A", "G,T", "0/1" ], "0/0", [ "10", "121586676", "A", "T" ] ] ], "representation_diff": [ [ "locus_0041", [ "1", "20589096", "TC", "T" ], [ "1", "20589098", "D", "I" ] ], [ "locus_0042", [ "1", "20589096", "TC", "T" ], [ "1", "20589098", "D", "I" ] ], [ "locus_0043", [ "1", "20589096", "TC", "T" ], [ "1", "20589098", "D", "I" ] ], [ "locus_0044", [ "1", "78303099", "TG", "T" ], [ "1", "78303101", "D", "I" ] ], [ "locus_0045", [ "1", "78392093", "AT", "A" ], [ "1", "78392095", "I", "D" ] ], [ "locus_0046", [ "1", "78411336", "AC", "A" ], [ "1", "78411338", "D", "I" ] ], [ "locus_0047", [ "1", "97450065", "TG", "T" ], [ "1", "97450067", "D", "I" ] ], [ "locus_0048", [ "1", "97450065", "TG", "T" ], [ "1", "97450067", "D", "I" ] ], [ "locus_0049", [ "1", "97450065", "TG", "T" ], [ "1", "97450067", "D", "I" ] ], [ "locus_0050", [ "1", "97450065", "TG", "T" ], [ "1", "97450067", "D", "I" ] ], [ "locus_0051", [ "1", "97450065", "TG", "T" ], [ "1", "97450067", "D", "I" ] ], [ "locus_0052", [ "1", "97450065", "TG", "T" ], [ "1", "97450067", "D", "I" ] ], [ "locus_0053", [ "1", "97593250", "CT", "C" ], [ "1", "97593252", "I", "D" ] ], [ "locus_0054", [ "1", "97593250", "CT", "C" ], [ "1", "97593252", "I", "D" ] ], [ "locus_0055", [ "1", "97593250", "CT", "C" ], [ "1", "97593252", "I", "D" ] ], [ "locus_0056", [ "1", "97593250", "CT", "C" ], [ "1", "97593252", "I", "D" ] ], [ "locus_0057", [ "1", "97593250", "CT", "C" ], [ "1", "97593252", "I", "D" ] ], [ "locus_0058", [ "1", "147208902", "CT", "C" ], [ "1", "147208904", "I", "D" ] ], [ "locus_0059", [ "1", "147208902", "CT", "C" ], [ "1", "147208904", "I", "D" ] ], [ "locus_0060", [ "1", "147208902", "CT", "C" ], [ "1", "147208904", "I", "D" ] ] ], "ours_missing_haploid_Y": [ [ "207895980019_R11C02", "locus_0061", [ "Y", "19428214", "G", "C", "." ], "0/0", [ "Y", "19428214", "G", "C" ] ], [ "207895980035_R10C01", "locus_0062", [ "Y", "14081208", "A", "G", "." ], "1/1", [ "Y", "14081208", "A", "G" ] ], [ "207895980019_R12C01", "locus_0063", [ "Y", "12030916", "C", "T", "." ], "0/0", [ "Y", "12030916", "C", "T" ] ], [ "207895980019_R12C01", "locus_0064", [ "Y", "13331090", "T", "C", "." ], "1/1", [ "Y", "13331090", "T", "C" ] ], [ "207895980035_R04C03", "locus_0065", [ "Y", "9957467", "A", "T", "." ], "0/0", [ "Y", "9957467", "A", "T" ] ], [ "207895980035_R04C03", "locus_0066", [ "Y", "12816261", "A", "G", "." ], "1/1", [ "Y", "12816261", "A", "G" ] ], [ "207895980019_R03C01", "locus_0067", [ "Y", "19466559", "T", "G", "." ], "1/1", [ "Y", "19466559", "T", "G" ] ], [ "207895980019_R04C01", "locus_0068", [ "Y", "5680808", "T", "G", "." ], "1/1", [ "Y", "5680808", "T", "G" ] ], [ "207895980019_R03C02", "locus_0069", [ "Y", "12580293", "T", "C", "." ], "0/0", [ "Y", "12580293", "T", "C" ] ] ], "ours_missing_het_in_haploid": [ [ "207895980035_R13C03", "locus_0070", [ "X", "7467632", "A", "G", "." ], "0/1", [ "X", "7467632", "A", "G" ] ], [ "207895980035_R13C03", "locus_0071", [ "X", "7478861", "T", "C", "." ], "0/1", [ "X", "7478861", "T", "C" ] ], [ "207895980035_R13C03", "locus_0072", [ "X", "68391913", "C", "T", "." ], "0/1", [ "X", "68391913", "C", "T" ] ], [ "207895980019_R06C01", "locus_0073", [ "X", "33006670", "T", "G", "." ], "0/1", [ "X", "33006670", "T", "G" ] ], [ "207895980035_R09C03", "locus_0074", [ "MT", "2690", "G", "A", "." ], "0/1", [ "MT", "2690", "G", "A" ] ], [ "207895980019_R15C02", "locus_0075", [ "X", "79535086", "C", "T", "." ], "0/1", [ "X", "79535086", "C", "T" ] ], [ "207895980035_R14C01", "locus_0076", [ "X", "120442599", "C", "T", "." ], "0/1", [ "X", "120442599", "C", "T" ] ], [ "207895980035_R03C03", "locus_0077", [ "X", "22216499", "A", "T", "." ], "0/1", [ "X", "22216499", "A", "T" ] ], [ "207895980019_R09C03", "locus_0078", [ "Y", "7044951", "G", "T", "." ], "0/1", [ "Y", "7044951", "G", "T" ] ], [ "207895980035_R12C03", "locus_0079", [ "X", "20830034", "A", "G", "." ], "0/1", [ "X", "20830034", "A", "G" ] ], [ "207895980035_R11C03", "locus_0080", [ "X", "91616889", "G", "A", "." ], "0/1", [ "X", "91616889", "G", "A" ] ], [ "207895980035_R11C03", "locus_0081", [ "X", "154532408", "T", "C", "." ], "0/1", [ "X", "154532408", "T", "C" ] ], [ "207895980042_R15C02", "locus_0082", [ "Y", "15734824", "C", "A", "." ], "0/1", [ "Y", "15734824", "C", "A" ] ], [ "207895980035_R05C03", "locus_0083", [ "X", "7462384", "A", "G", "." ], "0/1", [ "X", "7462384", "A", "G" ] ], [ "207895980035_R05C03", "locus_0084", [ "X", "7475195", "T", "C", "." ], "0/1", [ "X", "7475195", "T", "C" ] ], [ "207895980035_R05C03", "locus_0072", [ "X", "68391913", "C", "T", "." ], "0/1", [ "X", "68391913", "C", "T" ] ] ] }, "unexplained": 0, "note": "Probe names from the vendor manifest are replaced by stable pseudonyms (locus_NNNN, shared by both oracle files); sample IDs, positions, alleles and all counts are unchanged." }