{
  "oracle": "GTCtoVCF",
  "samples": 36,
  "probes_oracle": 682667,
  "probes_ours": 660270,
  "probes_in_merged_records": 37785,
  "probes_only_in_oracle": 22400,
  "only_in_oracle_examples": [
    "locus_0001",
    "locus_0002",
    "locus_0003",
    "locus_0004",
    "locus_0005",
    "locus_0006",
    "locus_0007",
    "locus_0008",
    "locus_0009",
    "locus_0010",
    "locus_0011",
    "locus_0012",
    "locus_0013",
    "locus_0014",
    "locus_0015",
    "locus_0016",
    "locus_0017",
    "locus_0018",
    "locus_0019",
    "locus_0020"
  ],
  "categories": {
    "grouping_differs": 155,
    "match_called": 23656575,
    "match_missing": 109760,
    "only_ours": 108,
    "oracle_diploid_candidates_in_haploid_context": 2,
    "oracle_opposite_strand_indel_bug": 177,
    "oracle_site_includes_probes_we_skip": 2917,
    "ours_missing_haploid_Y": 9,
    "ours_missing_het_in_haploid": 17
  },
  "examples": {
    "oracle_site_includes_probes_we_skip": [
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0085",
        [
          "1",
          "201085496",
          "G",
          "A",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "1",
          "201085496",
          "G",
          "C,A"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0086",
        [
          "1",
          "201085496",
          "G",
          "A",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "1",
          "201085496",
          "G",
          "C,A"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0087",
        [
          "10",
          "94981305",
          "C",
          "G",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "10",
          "94981305",
          "C",
          "A,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0088",
        [
          "10",
          "94981305",
          "C",
          "G",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "10",
          "94981305",
          "C",
          "A,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0089",
        [
          "10",
          "94981305",
          "C",
          "G",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "10",
          "94981305",
          "C",
          "A,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0090",
        [
          "10",
          "95063364",
          "C",
          "G",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "10",
          "95063364",
          "C",
          "T,A,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0091",
        [
          "12",
          "21239885",
          "T",
          "C",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21239885",
          "T",
          "C,A"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0092",
        [
          "16",
          "55822444",
          "C",
          "A",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "16",
          "55822444",
          "C",
          "A,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0093",
        [
          "18",
          "657095",
          "C",
          "T",
          "1/1"
        ],
        "./.",
        [
          "18",
          "657095",
          "C",
          "T,A"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0094",
        [
          "18",
          "664286",
          "G",
          "A",
          "1/1"
        ],
        "./.",
        [
          "18",
          "664286",
          "G",
          "A,T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0095",
        [
          "19",
          "39244961",
          "C",
          "T",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "39244961",
          "C",
          "G,T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0096",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "G",
          "1/1"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "A,T,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0097",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "G",
          "1/1"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "A,T,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0098",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "G",
          "1/1"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "A,T,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0099",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "G",
          "1/1"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "39245004",
          "C",
          "A,T,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0100",
        [
          "19",
          "40846021",
          "G",
          "A",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "40846021",
          "G",
          "A,C"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0101",
        [
          "19",
          "40849103",
          "A",
          "C",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "19",
          "40849103",
          "A",
          "T,C"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0102",
        [
          "2",
          "85552428",
          "C",
          "T",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "2",
          "85552428",
          "C",
          "G,T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0103",
        [
          "2",
          "166073440",
          "A",
          "G",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "2",
          "166073440",
          "A",
          "T,G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0104",
        [
          "22",
          "42126481",
          "G",
          "T",
          "0/0"
        ],
        "./.",
        [
          "22",
          "42126481",
          "G",
          "C,T"
        ]
      ]
    ],
    "grouping_differs": [
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0105",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0106",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0107",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0105",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0106",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0107",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R04C01",
        "locus_0105",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R04C01",
        "locus_0106",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R04C01",
        "locus_0107",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0105",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0106",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0107",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "18",
          "673443",
          "TTTAAAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0108",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0109",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0110",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0111",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0112",
        [
          "6",
          "160139865",
          "CTGGTAAGT",
          "C",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "6",
          "160139865",
          "CTGGTAAGT",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R05C01",
        "locus_0113",
        [
          "6",
          "160139865",
          "CTGGTAAGT",
          "C",
          "./."
        ],
        "0/0",
        [
          "6",
          "160139865",
          "CTGGTAAGT",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R06C01",
        "locus_0105",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G",
          "./."
        ],
        "0/1",
        [
          "11",
          "113904829",
          "GAGA",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R06C01",
        "locus_0108",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "3",
          "46373452",
          "TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG",
          "T"
        ]
      ]
    ],
    "oracle_opposite_strand_indel_bug": [
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0114",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0115",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0116",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0117",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0118",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0119",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0120",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0121",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0122",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0114",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0115",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0116",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0117",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0118",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0119",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "6",
          "33087504",
          "TC",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0120",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0121",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0122",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "7",
          "140836521",
          "G",
          "GT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R04C01",
        "locus_0114",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R04C01",
        "locus_0115",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT",
          "0/1"
        ],
        "./.",
        [
          "12",
          "21334835",
          "C",
          "CT"
        ]
      ]
    ],
    "ours_missing_haploid_Y": [
      [
        "207895980019_R03C01",
        "locus_0067",
        [
          "Y",
          "19466559",
          "T",
          "G",
          "."
        ],
        "1",
        [
          "Y",
          "19466559",
          "T",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R03C02",
        "locus_0069",
        [
          "Y",
          "12580293",
          "T",
          "C",
          "."
        ],
        "0",
        [
          "Y",
          "12580293",
          "T",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R04C01",
        "locus_0068",
        [
          "Y",
          "5680808",
          "T",
          "G",
          "."
        ],
        "1",
        [
          "Y",
          "5680808",
          "T",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R11C02",
        "locus_0061",
        [
          "Y",
          "19428214",
          "G",
          "C",
          "."
        ],
        "0",
        [
          "Y",
          "19428214",
          "G",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R12C01",
        "locus_0063",
        [
          "Y",
          "12030916",
          "C",
          "T",
          "."
        ],
        "0",
        [
          "Y",
          "12030916",
          "C",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R12C01",
        "locus_0064",
        [
          "Y",
          "13331090",
          "T",
          "C",
          "."
        ],
        "1",
        [
          "Y",
          "13331090",
          "T",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R04C03",
        "locus_0065",
        [
          "Y",
          "9957467",
          "A",
          "T",
          "."
        ],
        "0",
        [
          "Y",
          "9957467",
          "A",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R04C03",
        "locus_0066",
        [
          "Y",
          "12816261",
          "A",
          "G",
          "."
        ],
        "1",
        [
          "Y",
          "12816261",
          "A",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R10C01",
        "locus_0062",
        [
          "Y",
          "14081208",
          "A",
          "G",
          "."
        ],
        "1",
        [
          "Y",
          "14081208",
          "A",
          "G"
        ]
      ]
    ],
    "ours_missing_het_in_haploid": [
      [
        "207895980019_R06C01",
        "locus_0073",
        [
          "X",
          "33006670",
          "T",
          "G",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "33006670",
          "T",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R09C03",
        "locus_0123",
        [
          "Y",
          "7044951",
          "G",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "Y",
          "7044951",
          "G",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R09C03",
        "locus_0078",
        [
          "Y",
          "7044951",
          "G",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "Y",
          "7044951",
          "G",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980019_R15C02",
        "locus_0075",
        [
          "X",
          "79535086",
          "C",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "79535086",
          "C",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R03C03",
        "locus_0077",
        [
          "X",
          "22216499",
          "A",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "22216499",
          "A",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R05C03",
        "locus_0083",
        [
          "X",
          "7462384",
          "A",
          "G",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "7462384",
          "A",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R05C03",
        "locus_0084",
        [
          "X",
          "7475195",
          "T",
          "C",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "7475195",
          "T",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R05C03",
        "locus_0072",
        [
          "X",
          "68391913",
          "C",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "68391913",
          "C",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R09C03",
        "locus_0074",
        [
          "MT",
          "2690",
          "G",
          "A",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "MT",
          "2690",
          "G",
          "A"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R11C03",
        "locus_0080",
        [
          "X",
          "91616889",
          "G",
          "A",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "91616889",
          "G",
          "A"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R12C03",
        "locus_0079",
        [
          "X",
          "20830034",
          "A",
          "G",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "20830034",
          "A",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R13C03",
        "locus_0070",
        [
          "X",
          "7467632",
          "A",
          "G",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "7467632",
          "A",
          "G"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R13C03",
        "locus_0124",
        [
          "X",
          "7478861",
          "T",
          "C",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "7478861",
          "T",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R13C03",
        "locus_0071",
        [
          "X",
          "7478861",
          "T",
          "C",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "7478861",
          "T",
          "C"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R13C03",
        "locus_0072",
        [
          "X",
          "68391913",
          "C",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "68391913",
          "C",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R14C01",
        "locus_0076",
        [
          "X",
          "120442599",
          "C",
          "T",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "X",
          "120442599",
          "C",
          "T"
        ]
      ],
      [
        "207895980042_R15C02",
        "locus_0082",
        [
          "Y",
          "15734824",
          "C",
          "A",
          "."
        ],
        "0/1",
        [
          "Y",
          "15734824",
          "C",
          "A"
        ]
      ]
    ],
    "oracle_diploid_candidates_in_haploid_context": [
      [
        "207895980035_R11C03",
        "locus_0125",
        [
          "X",
          "22890860",
          "A",
          "G,T",
          "1"
        ],
        ".",
        [
          "X",
          "22890860",
          "A",
          "G,T"
        ]
      ],
      [
        "207895980035_R11C03",
        "locus_0126",
        [
          "X",
          "22890860",
          "A",
          "G,T",
          "1"
        ],
        ".",
        [
          "X",
          "22890860",
          "A",
          "G,T"
        ]
      ]
    ]
  },
  "unexplained": 0,
  "note": "Probe names from the vendor manifest are replaced by stable pseudonyms (locus_NNNN, shared by both oracle files); sample IDs, positions, alleles and all counts are unchanged."
}